Предимплантационное генетическое тестирование с применением метода гаплотипирования с помощью однонуклеотидных полиморфизмов
Цель. Разработка и применение метода гаплотипирования с помощью однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) для предимплантационного генетического тестирования моногенных заболеваний (ПГТ-М) с использованием чипов Affymetrix Inc., США.Екимов А.Н., Каретникова Н.А., Шубина Е.С., Гольцов А.Ю., Кузнецова М.В., Мукосей И.С., Ритчер О.В., Трофимов Д.Ю.
Материалы и методы. Были обследованы 23 семьи с моногенной патологией. Использовали комплексный подход с одновременным применением ПГТ-М (фрагментный анализ STR-маркеров, SNP-гаплотипирование, секвенирование по Сэнгеру, полимеразная цепная реакция в реальном времени) и ПГТ анеуплоидий (ПГТ-А) (NGS и aCGH).
Результаты. Из 93 направленных на тестирование эмбрионов эуплоидными оказались 55. В трех семьях ПГТ-М не проводили из-за полного отсутствия эуплоидных эмбрионов после ПГТ-А.
В остальных 20 наблюдениях перенос в полость матки оказался возможен для 38 эмбрионов (20 – без мутаций и 18 – гетерозиготные носители). Установлено, что интерпретация результатов SNP-гаплотипирования более проста и надежна по сравнению с STR-анализом. Данная методика не требует индивидуальной разработки для каждого случая и является универсальной. Подробно описаны результаты применения SNP-гаплотипирования для двух случаев: ПГТ-М ахондроплазии (аутосомно-доминантный тип наследования) и галактоземии (рецессивный тип наследования).
Заключение. Универсальность и надежность разработанного подхода значительно ускоряют получение результатов, облегчают их интерпретацию и снижают вероятность возможных ошибок. Также проведению ПГТ-М должно предшествовать ПГТ-А для профилактики хромосомной патологии.
Ключевые слова
вспомогательные репродуктивные технологии
эмбрион
ПГТ-А
ПГТ-М
хромосомные аномалии
анеуплоидии
фрагментный анализ
генотипирование
SNP-гаплотипирование
Список литературы
- Delhanty J.D.A., Harper J.C. Pre-implantation genetic diagnosis. Baillieres Best Pract. Res. Clin. Obstet. Gynaecol. 2000; 14(4): 691-708. https://dx.doi.org/10.1053/beog.2000.0105.
- Zegers-Hochschild F., Adamson G.D., Dyer S., Racowsky C., de Mouzon J., Sokol R. et al. The international glossary on infertility and fertility care. Hum. Reprod. 2017; 108(3): 393-406. https://dx.doi.org/10.1016/j.fertnstert.2017.06.005.
- Gigarel N., Frydman N., Burlet P., Kerbrat V., Steffann J., Frydman R. et al. Single cell co-amplification of polymorphic markers for the indirect preimplantation genetic diagnosis of hemophilia A, X-linked adrenoleukodystrophy, X-linked hydrocephalus and incontinentia pigmenti loci on Xq28. Hum. Genet. 2004; 114(3): 298-305. https://dx.doi.org/10.1007/s00439-003-1063-9.
- Traversa M.V., Carey L.,Leigh D. A molecular strategy for routine preimplantation genetic diagnosis in both reciprocal and Robertsonian translocation carriers. Mol. Hum. Reprod. 2010; 16(5): 329-37. https://dx.doi.org/10.1093/molehr/gaq013.
- Handyside A.H., Harton G.L., Mariani B., Thornhill A.R., Affara N., Shaw M.A., Griffin D.K. Karyomapping: a universal method for genome wide analysis of genetic disease based on mapping crossovers between parental haplotypes. J. Med. Genet. 2010; 47(10): 651-8. https://dx.doi.org/10.1136/jmg.2009.069971.
- Masset H., Zamani Esteki M., Dimitriadou E., Dreesen J., Debrock S., Derhaag J. et al. Multi-centre evaluation of a comprehensive preimplantation genetic test through haplotyping-by-sequencing. Hum. Reprod. 2019; 34(8): 1608-19. https://dx.doi.org/10.1093/humrep/dez106.
- Zamani Esteki M., Dimitriadou E., Mateiu L., Melotte C., Van der Aa N., Kumar P. et al. Concurrent whole-genome haplotyping and copy-number profiling of single cells. Am. J. Hum. Genet. 2015; 96(6): 894-912. https://dx.doi.org/10.1016/j.ajhg.2015.04.011.
Поступила 24.12.2020
Принята в печать 24.02.2021
Об авторах / Для корреспонденции
Екимов Алексей Николаевич, врач лабораторный генетик лаборатории молекулярно-генетических методов, ФГБУ «НМИЦ АГП имени академика В.И. Кулакова» МЗ РФ. Тел.: +7(495)531-44-44. Е-mail: a_ekimov@oparina4.ru. ORCID: 0000-0001-5029-0462. 117997, Россия, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4.Каретникова Наталия Александровна, врач-генетик лаборатории молекулярно-генетических методов, ФГБУ «НМИЦ АГП имени академика В.И. Кулакова» МЗ РФ. Тел.: +7(495)531-44-44. Е-mail: n_karetnikova@oparina4.ru. 117997, Россия, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4.
Шубина Екатерина Сергеевна, заведующая лабораторией анализа геномных данных, ФГБУ «НМИЦ АГП имени академика В.И. Кулакова» МЗ РФ.
Тел.: +7(495)531-44-44. Е-mail: e_shubina@oparina4.ru. 117997, Россия, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4.
Гольцов Андрей Юрьевич, научный сотрудник лаборатории молекулярно-генетических методов. ФГБУ «НМИЦ АГП имени академика В.И. Кулакова» МЗ РФ.
Тел.: +7(495)531-44-44. Е-mail: andrey.goltsov@gmail.com. 117997, Россия, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4.
Кузнецова Мария Владимировна, к.б.н., с.н.с. лаборатории молекулярно-генетических методов, ФГБУ «НМИЦ АГП имени академика В.И. Кулакова» МЗ РФ.
Тел.: +7(495)438-13-41. Е-mail: mkarja@mail.ru. 117997, Россия, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4.
Мукосей Ирина Сергеевна, м.н.с. лаборатории молекулярно-генетических методов, ФГБУ «НМИЦ АГП имени академика В.И. Кулакова» МЗ РФ.
Тел.: +7(495)438-13-41. Е-mail: irina.mukosey@yandex.ru. 117997, Россия, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4.
Ритчер Ольга Владимировна, врач клинической лабораторной диагностики лаборатории молекулярно-генетических методов, ФГБУ
«НМИЦ АГП имени академика В.И. Кулакова» МЗ РФ. Тел.: +7(495)531-44-44. Е-mail: o_ritcher@oparina4.ru. 117997, Россия, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4.
Трофимов Дмитрий Юрьевич, профессор, директор Института репродуктивной генетики, ФГБУ «НМИЦ АГП имени академика В.И. Кулакова» МЗ РФ.
Тел.: +7(495)531-44-44. Е-mail: d_trofimov@oparina4.ru. 117997, Россия, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4.
Для цитирования: Екимов А.Н., Каретникова Н.А., Шубина Е.С., Гольцов А.Ю., Кузнецова М.В., Мукосей И.С., Ритчер О.В., Трофимов Д.Ю. Предимплантационное генетическое тестирование с применением метода гаплотипирования с помощью однонуклеотидных полиморфизмов.
Акушерство и гинекология. 2021; 5: 100-107
https://dx.doi.org/10.18565/aig.2021.5.100-107
Также по теме
