Определение свободной эмбриональной ДНК в плазме крови беременных для неинвазивной пренатальной генетической диагностики

Тетруашвили Н.К., Федорова Н.И., Файзуллин Л.З., Карнаухов В.Н.

ФГБУ Научный центр акушерства, гинекологии и перинатологии им. академика В.И. Кулакова Минздравсоцразвития России, Москва
Необходимость своевременной постановки диагноза с минимальным риском для матери и плода определяет актуальность неинвазивной пренатальной диагностики. Выявление свободной (внеклеточной) эмбриональной ДНК, циркулирующей в плазме крови матери, открыло новые возможности неинвазивной генетической диагностики плода и состояния беременности. Эмбриональная ДНК может быть обнаружена на 5–6 нед гестации и быстро исчезает после родов. Современные молекулярно-биологические технологии исследования этой ДНК позволяют прогнозировать осложнения беременности, определять пол и резус плода, диагностировать генные и хромосомные мутации.

Ключевые слова

свободная эмбриональная ДНК
беременность
резус-фактор
анеуплоидия

Необходимость своевременной постановки диагноза с минимальным риском для матери и плода определяет актуальность разработки и внедрения методов неинвазивной пренатальной диагностики. Инвазивные методы пренатальной диагностики, обладая высокой информативностью, тем не менее повышают риск прерывания беременности, особенно у женщин с осложненным течением гестационного процесса. Согласно данным английских авторов, за период 2002–2003 гг.всвязисразличнымипоказаниями у 30 тыс. женщин проведена процедура амниоцентеза, у 8 тыс. – хориоцентеза, что привело к самопроизвольному прерыванию 460 желанных беременностей с нормальным кариотипом плода [16]. При выполнении этих процедур даже опытными специалистами риск потери беременности составляет около 1–2% [15]. С целью ранней постановки генетического диагноза и снижения риска самопроизвольного прерывания беременности в различных лабораториях проводились поиски неинвазивных методов пренатальной диагностики.

Еще в 1893 г. G. Schmorl впервые высказал предположение, что клетки плодового происхождения
могут проникать в кровь матери [36]. Эта гипотеза основывалась на обнаружении клеток плацентарного происхождения в легочной ткани женщин, умерших от эклампсии. Только во второй половине ХХ века эти клетки начали активно использовать для выявления анеуплоидии и хромосомных
аберраций у плода. Однако это направление не получило широкого распространения в связи с
тем, что эмбриональных клеток в кровотоке матери мало (1–6 на мл крови) и они продолжают циркулировать в крови женщины многие годы и после окончания беременности, что может приводить к ложно-позитивным результатам при последующих беременностях [4].

Выявление в 1997 г. свободной (внеклеточной) эмбриональной ДНК (сэ-ДНК), циркулирующей в плазме крови матери, открыло новые возможности неинвазивной пренатальной генетической диагностики плода во время беременности [27]. При физиологической беременности от 3 до 6% всей свободной ДНК в материнской плазме имеет эмбриональное происхождение. Она может быть обнаружена уже на 4–5 нед беременности и ее количество нарастает до родов [28]. В отличие от эмбриональных клеток сэ-ДНК быстро исчезает из материнской плазмы после родов. Сэ-ДНК имеет период полужизни 16 мин и не определяется уже через 2 ч после родоразрешения, что указывает на ее специфичность конкретно для данной беременности.

Имеются убедительные доказательства тому, что сэ-ДНК имеет плацентарное происхождение
и поступает в кровь беременной вследствие плацентарного апоптоза [22, 23, 32]. В пользу этого
говорят результаты исследований, согласно которым сэ-ДНК выявляется еще до установления фетоплацентарного кровотока [35], а также при анэмбрионии [1]. Более того, проведение лазерной аблации анастамозов в плаценте сопровождается увеличением концентрации сэ-ДНК в кровотоке беременной [40]. Согласно результатам другого исследования, отцовский аллель, присутствующий в плаценте с подтвержденным генетическим мозаицизмом, выявлялся в материнской плазме, но отсутствовал у новорожденного, что также свидетельствует о плацентарном происхождении сэ-ДНК [29].

В связи с этим логично предположить, что различные нарушения состояния плаценты будут сопровождаться повышенным выбросом сэ-ДНК в кровоток матери. Действительно, было показано, что такие нарушения плацентации, как предлежание плаценты или различные формы врастания ее в миометрий сопровождаются значительным повышением концентрации сэ-ДНК в плазме беременной [8, 30, 38].

В связи с тем что сэ-ДНК в кровотоке беременной присутствует вместе с материнской внеклеточной ДНК, применение ее для клинической диагностики на сегодняшний день имеет определенные ограничения. Основное отличие между этими фракциями в том, что сэ-ДНК на 90% представлена в виде апоптотических фрагментов длиной до 200 пар нуклеотидов, тогда как материнская ДНК более длинная и может быть результатом как апоптоза, так и некроза [5, 11]. Современные технологии не позволяют пока эффективно разделять эти фракции.

Наиболее достоверным способом идентификации сэ-ДНК в настоящее время является выявление в плазме генов Y-хромосомы у женщин, вынашивающих плоды мужского пола. В нескольких лабораториях были разработаны методы пренатального определения пола плода с помощью технологии полимеразной цепной реакции в реальном времени с праймерами для генов Y-хромосомы SRY (sex-determining region Y) и TSPY (testis-specific protein, Y-linked) или DYS-14 [34, 17]. Ген SRY представлен в геноме в одной копии и позволяет с 95% эффективностью идентифицировать пол плода после 10 нед гестации [17, 34, 10]. Более высокая эффективность выявления ДНК Y-хромосомы в плазме матери достигается при амплификации многокопийного (от 15 до 35 копий) гена TSPY. По данным британских исследователей, выявление этого гена позволяет достигнуть точности определения пола плода в 97,6 % в сроках 6–7 нед беременности [18].

Определение пола плода приобретает клиническую значимость в случаях сцепленных с половыми хромосомами наследственных заболеваний, таких как гемофилия, миодистрофия Дюшенна, Х-сцепленная задержка умственного развития, адренолейкодистрофия, Х-сцепленный тяжелый
иммунодефицит, Х-сцепленная гидроцефалия, и других [6, 19, 7, 41]. Установление пола плода
также важно в случаях, когда наружные половые органы плода развиты нетипично и при ряде эндокринных нарушений, как, например, врожденная гиперплазия коры надпочечников, сопровождающаяся вирилизацией плода женского пола, что требует антенатального лечения
[7]. Кроме того, на сегодняшний день имеются убедительные данные в отношении особенностей течения беременности в зависимости от пола плода. У беременных, вынашивающих плод мужского пола, в 1,5–2 раза повышен риск как ранних, так и поздних гестационных потерь, преэклампсии, что требует тщательного мониторинга во время беременности [8, 30, 38].

Из аутосомно-наследуемых генов в ряде зарубежных клиник хорошо разработана и внедрена в качестве лабораторной диагностики пренатальная диагностика резус-D гена плода путем исследования сэ-ДНК в плазме крови матери [21]. Методика определения резус-принадлежности плода по крови матери и пренатальное определение пола плода практически схожи. В европейской популяции резус-отрицательный фенотип обусловлен полным отсутствием в геноме локуса резус-антигена, поэтому выявление в крови резус-отрицательной беременной этой ДНК будет однозначно указывать на резус-положительную кровь плода.

Иммунологическая несовместимость плода и матери по резус-фактору является основной причиной гемолитической болезни новорожденного [2]. До 95% всех клинически значимых случаев гемолитической болезни плода обусловлены несовместимостью по резус-фактору. Для предотвращения резус-сенсибилизации матери используют анти-резус иммуноглобулины. В настоящее время в мире принята тактика введения анти-резус иммуноглобулинов всем резус-отрицательным женщинам при резусположительной крови супруга с 28-й по 34-ю нед беременности [33], что позволяет снизить
риск иммунизации на 80%. В то же время при наличии резус-отрицательного плода эта профилактическая мера, связанная с введением белкового препарата (анти-Rhо(D) иммуноглобулина), является бесполезным, небезопасным и дорогостоящим мероприятием [12]. В связи с этим пренатальное определение резус-фактора плода неинвазивным методом позволит избежать ненужного медикаментозного воздействия при наличии резус-отрицательного плода и назначать профилактическое введение анти-Rhо(D) иммуноглобулина только при положительной резусринадлежности плода. Исследования, проведенные во многих лабораториях, показали, что применение полимеразной цепной реакции для выявления резус-D гена плода в материнской плазме крови после 15 нед гестации позволяет устанавливать резус-принадлежность плода со 100% увствительностью и 90–95% специфичностью [3, 13]. В 5–10% случаев возможно получение ложно-положительного результата в связи с наличием в европейской популяции азиатского или африканского генотипа резус-фактора, характеризующегося наличием дефектного гена RhD, проявляющегося как резус-отрицательный фенотип [2]. Внедрение в широкую практику определения резус-фактора плода по крови матери снизит число беременных, которым потребуется антенатальная профилактика анти-резус иммуноглобулином.

Нарушения роста и развития плаценты во время беременности находят отражение в повышении уровней свободной ДНК эмбрионального происхождения, что было доказано при различных осложнениях беременности [14, 43]. Осложнения, ассоциированные с плацентарной дисфункцией, такие как угроза выкидыша, задержка роста плода, преэклампсия сопровождаются развитием ишемии плацентарных сосудов, апоптозом трофобластических клеток и высвобождением эмбриональной ДНК в плазму крови беременной до концентраций значительно (в 3 и более раз) превышающих таковую при нормальном течении беременности [22]. При этом было отмечено, что превышение нормального
уровня сэ-ДНК возникает значительно раньше появления клинических признаков патологии беременности [24, 42].

Повышение уровней свободной ДНК эмбрионального происхождения у беременных с преэклампсией было впервые продемонстрировано в 1999 г. D. Lo и соавт. [25]. В дальнейшем было показано, что еще за 1–2 нед до появления симптомов преэклампсии уровень сэ-ДНК повышается в 2–3 раза, а при появлении клинической симптоматики – в 2–14 раз [21, 37].

Кроме преэклампсии были описаны и другие акушерские осложнения, при которых имеет место повышение уровня свободной ДНК эмбрионального происхождения: преждевременные роды, тяжелая рвота беременных, плотное прикрепление плаценты или ее врастание, задержка роста плода, внутриматочные гематомы, многоводие [41, 21].

Анеуплоидии–числовыеизмененияхромосом, часто являются следствием нарушений в процессе мейоза при образовании гамет. Большинство этих нарушений приводят к физическим аномалиям, нарушению умственного развития и бесплодию. «Золотым стандартом» диагностики любой анеуплоидии является исследование кариотипа клеток плодового происхождения, полученных при помощи хориоцентеза или
амниоцентеза [31].

В связи с риском инвазивных методов для беременности в настоящее время во многих лабораториях ведутся разработки методов для установления хромосомных аберраций путем исследования сэ-ДНК в материнской крови. Основная трудность этих работ заключается в идентификации эмбриональной ДНК, составляющей 3–6% от всей свободной ДНК в плазме крови.

D. Lo и соавт. для дифференциации эмбриональной ДНК использовали различие в характере метилирования определенных участков эмбриональной и материнской ДНК [39]. Такой подход позволил идентифицировать трисомию по 18 и 21 хромосомам с чувствительностью, близкой к 100%, и специфичностью до 95%. В этой же лаборатории был предложен другой метод идентификации эмбриональной ДНК и выявления аутосомальной анеуплоидии у эмбриона, основанный на определении специфических для хромосомы однонуклеотидных полиморфизмов [26]. Чувствительность такой диагностики может быть значительно повышена при использовании формальдегида для стабилизации клеток в материнской крови и увеличения доли эмбриональной ДНК в плазме [9].

В плазме крови беременной кроме эмбриональной ДНК выявляются свободные эмбриональные мРНК и микроРНК, которые также определяются на самых ранних сроках беременности и исчезают из кровотока сразу после родоразрешения, период их полужизни составляет 15–20 мин [20, 41]. Так как экспрессия определенных генов является уникальной во время беременности, определение плацентарной/эмбриональной РНК является многообещающим методом исследования с возможностью более эффективной дифференциации эмбриональной РНК от материнской.

Таким образом, свободные нуклеиновые кислоты, присутствующие в материнском кровотоке во время беременности, могут быть использованы для ранней неинвазивной пренатальной диагностики генетического статуса плода.

Существуют перспективы клинического использования определения свободной ДНК эмбрионального происхождения, основанные на отчетливых различиях материнской и эмбриональной ДНК:
1. Прогнозирование осложнений беременности по повышению абсолютного уровня сэ-ДНК.
2. Диагностика резус-фактора плода по резус-D гену у резус-отрицательных беременных женщин.
3. Установление пола плода путем определения свободных последовательностей ДНК, локализованных на Y-хромосоме.
4. Диагностика генных и хромосомных мутаций плода.
Требуются дальнейшие исследования в данной области для определения возможностей клинического применения описанных методов, как у беременных женщин групп риска, так и в качестве скрининговых методик.

Список литературы

1. Alberry M., Maddocks D., Jones M. et al. Free fetal DNA in maternal plasma in anembryonic pregnancies: confirmation that the origin is the trophoblasts // Prenat. Diagn. – 2007. – Vol. 27. – P. 415 – 418.
2. Avent N.D., Reid M.E. The Rh blood group system: a review // Blood. – 2000. – Vol. 95. – P. 375 – 387.
3. Avent N.D. RhD genotyping from maternal plasma: guidelines and technical challenges // Methods Mol. Biol. – 2008. – Vol. 444. – P. 185 – 201.
4. Bianchi D.W., Zickwolf G.K., Weil G.J et al. Male fetal progenitor cells persistin maternal blood for as long as 27 years postpartum // Proc Nat. Acad Sci USA. – 1996. – Vol. 93. – P. 705 – 708.
5. Chan K.C.A., Zhang J., Hui A.B. et al. Size distributions of maternal and fetal DNA in maternal plasma // Clin. Chem. – 2004. – Vol. 50. – P. 88 – 92.
6. Costa J.M., Benachi A., Gautier E. New strategy for prenatal diagnosis of X-linked disorders // N Engl J Med. – 2002. – Vol. 346. – P. 1502.
7. Chiu R.W.K., Lau T.K., Cheung P.T. et al. Noninvasive prenatal exclusion of congenital adrenal hyperplasia by maternal plasma analysis: a feasibility study // Clin. Chem. – 2002. – Vol. 48. – P. 778 – 780.
8. Di Renzo G.C., Rosati A., Sarti R.D. et al. Does fetal sex affect pregnancy outcome? // Gend. Med. – 2007. – Vol. 4. – P. 19 – 30.
9. Dhallan R., Guo X., Emche S. et al. A non-invasive test for prenatal diagnosis based on fetal DNA present in maternal blood: a preliminary study // Lancet. – 2007. – Vol. 10. – P. 474 – 481.
10. Finning K.M., Chitty L.S. Non-invasive fetal sex determination: impact on clinical practice // Semin. Fetal. Neonatal Med. – 2008. – Vol.13. – P. 69 – 75.
11. Fan H.C., Blumenfeld Y.J., Chitkara U. et al. Analysis of the Size Distributions of Fetal and Maternal Cell-Free DNA by Paired-End Sequencing // Clin. Chem. – 2010. – Vol. 5. – P. 1279 – 1286.
12. Finning K., Martin P., Summers J. et al. Effect of high throughput RhD typing of fetal DNA in maternal plasma on use of anti-RhD immunoglobulin in RhD negative pregnant women: prospective feasibility study // BMJ. – 2008. – Vol. 12. – P. 816-818.
13. Finning K., Martin P., Daniels G. The use of maternal plasma for prenatal RhD blood group genotyping // Methods Mol. Biol. – 2009. – Vol. 49. – P. 143 – 157.
14. Farina A., Sekizawa A., Rizzo N. et al. Cell-free fetal DNA (SRY locus) concentration in maternal plasma is directly correlated to the time elapsed from the onset of PET to the collection of blood // Prenat. Diagn. – 2004. – Vol. 24. – P. 293 – 297.
15. Geifman-Holtzman O., Ober Berman J. Prenatal diagnosis: update on invasive versus noninvasive fetal diagnostic testing from maternal blood // Expert Rev Mol. Diagn. – 2008. – Vol. 8, N 6. – P. 727 – 751.
16. Human Genetics Commission. Choosing the future: genetics and reproductive decision making. July 2004.
17. Hill M., Finning K., Martin P. et al. Non-invasive prenatal determination of fetal sex: translating research into clinical practice // Clin. Genet. – 2010. – Aug 19.
18. Hill M., Taffinder S., Chitty L.S. et al. Incremental cost of non-invasive prenatal diagnosis versus invasive prenatal diagnosis of fetal sex in England // Prenat. Diagn. – 2011. – Vol. 31, N 3. – P. 267 – 255.
19. Hall A., Bostanci A., Wright C.F. Non-invasive prenatal diagnosis using cell-free fetal DNA technology: applications and implications // Public Health Genomics. – 2010. – Vol. 13, N 4. – P. 246 – 255.
20. Hung E.C., Chiu R.W., Lo Y.M. Detection of circulating fetal nucleic acids: a review of methods and applications // J. Clin. Pathol. – 2009. – Vol. 62, N 4. – P. 308 – 313.
21. Illanes S., Parra M., Serra R. et al. Increased free fetal DNA levels in early pregnancy plasma of women who subsequently develop preeclampsia and intrauterine growth restriction // Prenat. Diagn. – 2009. – Vol. 29, N 12. – P. 1118 – 1122.
22. Ishihara N., Matsuo H., Murakoshi H. et al. Increased apoptosis in the syncytiotrophoblast in human term placentas complicated by either PET or intrauterine growth retardation // Am. J Obstet. Gynecol . – 2002 . – Vol. 86, N 1. – P. 158 – 166.
23. Leung T.N., Lau T.K., Chung T.K. Thalassaemia screening in pregnancy // Curr Opin Obstet. Gynecol. – 2005. – Vol. 17, N 2. – P. 129 – 134.
24. Leung T.N., Zhang J., Lau T.K. et al. Increased maternal plasma fetal DNA concentrations in women who eventually develop PET // Clin. Chem. – 2001. – Vol. 47. – P. 137 – 139.
25. Lo Y.M., Leung T.N,, Tein M.S. et al. Quantitative abnormalities of fetal DNA in maternal serum in preeclampsia // Clin. Chem. – 1999. – Vol. 45, N 2. – P. 184 – 188.
26. Lo Y.M. Noninvasive prenatal detection of fetal chromosomal aneuploidies by maternal plasma nucleic acid analysis: a review of the current state of the art // BJOG. – 2009. – Vol. 116, N 2. – P. 152 – 157.
27. Lo Y.M.D., Corbetta N., Chamberlain P.F. et al. Presence of fetal DNA in maternal plasma and serum // Lancet. – 1997 – Vol. 350. – P. 485 – 487.
28. Lo Y.M.D., Tein M.S., Lau T.K. et al. Quantitative analysis of fetal DNA in maternal plasma and serum: implications for noninvasive prenatal diagnosis // Am. J Hum. Genet. – 1998. – Vol. 62. – P. 768 – 775.
29. Masuzaki H., Miura K., Yoshiura K. et al. Detection of cell free placental DNA in maternal plasma: direct evidence from three cases of confined placental mosaicism // J Med. Genet. – 2004. – Vol. 41. – P. 289 – 292.
30. Melamed N., Yogev Y., Glezerman M. Fetal gender and pregnancy outcome // J Matern. Fetal. Neonatal Med. – 2010. – Vol. 23, N 4. – P. 338 – 344.
31. Mujezinovic F., Alfirevic Z. Procedure-related complications of amniocentesis and chorionic villous sampling: a systematic review // Obstet. Gynecol. – 2007. – Vol. 110, N 3. – P. 687 – 694.
32. Masuzaki H., Miura K., Yoshiura et al. Detection of cell free placental DNA in maternal plasma: direct evidence from three cases of confined placental mosaicism // J Med. Genet. – 2004. – Vol. 41. – P. 289 – 292.
33. Pilgrim H., Lloyd-Jones M., Rees A. Routine antenatal anti-D prophylaxis for RhD-negative women: a systematic review and economic evaluation // Health Techno.l Assess. – 2009. – Vol.13, N 10. – P. 100 – 103.
34. Ren C.C., Miao X.H., Cheng H. et al. Detection of fetal sex in the peripheral blood of pregnant women // Fetal. Diagn. Ther. – 2007. – Vol. 22, N 5. – P. 377 – 382.
35. Rijnders R.J., van der Luijt R.B., Peters E.D. et al. Earliest gestational age for fetal sexing in cell-free maternal plasma // Prenat. Diagn. – 2003. – Vol. 23. – P. 1042 – 1044.
36. Schmorl G. Pathologische-anatomische Untersuchungen uber Puerperal-Eklampsie. Leipzig: Vogel 1893.
37. Sifakis S., Zaravinos A., Maiz N. et al. First-trimester maternal plasma cell-free fetal DNA and preeclampsia // Am. J Obstet. Gynecol. – 2009. – Vol. 201, N 5. – P. 472 – 477.
38. Timmerman E., Pajkrt E., Bilardo C.M. Male gender as a favorable prognostic factor in pregnancies with enlarged nuchal translucency // Ultrasound Obstet. Gynecol. – 2009. – Vol. 34, N 4. – P. 373 – 378.
39. Tong Y.K., Chiu R.W., Leung T.Y. et al. Detection of restriction enzyme-digested target DNA by PCR amplification using a stem-loop primer: application to the detection of hypomethylated fetal DNA in maternal plasma // Clin. Chem. – 2007. – Vol. 53, N 11. – P. 1906 – 1914.
40. Wataganara T., Gratacos E., Jani J. et al. Persistent elevation of cell-free fetal DNA levels in maternal plasma after selective laser coagulation of chorionic plate anastomoses in severe midgestational twintwin transfusion syndrome // Am. J Obstet. Gynecol. – 2005. – Vol. 192. – P. 604 – 609.
41. Wright C.F., Burton H. The use of cell-free fetal nucleic acids in maternal blood for non-invasive prenatal diagnosis // Hum. Reprod. Update. – 2009. – Vol. 5, N 1. – P. 139 – 151.
42. Zhong X.Y., Holzgreve W., Hahn S. The levels of circulatory cell free fetal DNA in maternal plasma are elevated prior to the onset of PET // Hypertens Pregnancy. – 2002. – Vol. 21. – P. 77 – 83.
43. Zhong X.Y., Laivuori H., Livingston J.C. et al. Elevation of both maternal and fetal extracellular circulating deoxyribonucleic acid concentrations in the plasma of pregnant women with PET // Am. J Obstet. Gynecol. – 2001. – Vol. 184. – P. 414 – 419.

Об авторах / Для корреспонденции

Тетруашвили Нана Картлосовна, доктор медицинских наук, профессор, руководитель 2-го отделения акушерского патологии беременности ФГБУ Научный центр акушерства, гинекологии и перинатологии им. академика В.И. Кулакова» Минздравсоцразвития России
Адрес: 117 997, Россия, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4
Телефон: 8 (916) 600-30-15
E-mail: tetrauly@mail.ru

Федорова Наталья Игоревна, врач 2-го отделения акушерского патологии беременности ФГБУ Научный центр акушерства, гинекологии и перинатологии им. академика В.И. Кулакова Минздравсоцразвития России
Тел. 8 (916) 353-99-33.
E-mail: natasha_fedorova@mail.ru

Файзуллин Леонид Закиевич, кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярно – генетических методов ФГБУ «Научный центр акушерства, гинекологии и перинатологии им. академика В.И. Кулакова» Минздравсоцразвития России
Тел. 8 (916) 710-67-89
E-mail: lfaizullin@mail.ru

Карнаухов Виталий Николаевич, младший научный сотрудник лаборатории молекулярно – генетических методов ФГБУ «Научный центр акушерства, гинекологии и перинатологии им. академика В.И. Кулакова» Минздравсоцразвития России
Тел. 8 (916) 213-49-26

Также по теме

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.