Использование количественной ПЦР-РВ для определения клинически значимой бактериурии

А.Н. Шевченко, Т.А. Зыкова, И.А. Хомутенко, Е.А. Шевякова, Л.А. Великородная

ФГБУ «Ростовский научно-исследовательский онкологический институт» Минздрава России

Введение. В последние годы изменилось отношение к роли бактерий в развитии урологических заболеваний: стало известно, что бессимптомная бактериурия больше не может считаться заболеванием [1]; при использовании современных методов культуральной и молекулярной диагностики, использующих в своей основе принцип ПЦР или метагеномного секвенирования (MGS), в моче здорового человека может быть обнаружен широкий спектр микроорганизмов [2]. Стерильная моча, по-видимому, является мифом, и недавние результаты изучения микробиома мочевого пузыря на основе MGS дают основания к пересмотру критериев для определения инфекций мочевых путей и неинфекционных урологических нарушений с аналогичными симптомами [3].

Цель. Сравнительная оценка эффективности количественной ПЦР в реальном времени (qPCR) и культурального метода в диагностике ИМП у онкологических больных.

Материал и методы. Исследовано 33 образца мочи. Один и тот же образец изучали с помощью культурального метода и qPCR.

Результаты. Положительными по результатам культурального исследования были 39,4% образцов, по результатам qPCR – 60,6%. Всего при микробиологическом исследовании было изолировано 16 культур микроорганизмов из 13 образцов (39,4%), в qPCR выявлена ДНК 28 микроорганизмов в 20 образцах (60,6%). При сопоставлении результатов исследования образцов мочи, полученных разными методами, из анализа были исключены образцы с количеством менее 103 ГЭ/мл.

Полное совпадение результатов отмечено в 28 случаях (66,6%). В двух образцах в qPCR был получен отрицательный результат при положительных результатах посевов (E.faecalis 106 КОЕ/мл и E.coli 108 КОЕ/мл). В 12 случаях (28,6%) при отрицательных результатах посевов в qPCR был обнаружен генетический материал возбудителей ИМП. Уровень обсемененности при этом составил 103 ГЭ/мл (7 образцов), 104 ГЭ/мл (2), 105 ГЭ/мл (2) и 107 ГЭ/мл (1). В этиологической структуре ИМП преобладали традиционные уропатогены: E.coli, Enterococcus spp., Kl.pneumoniae. Однако ранговые значения различных патогенов при исследовании культуральным методом и qPCR отличались. Культуральным методом чаще была обнаружена Kl.pneumoniae, затем Enterococcus spp. и E.coli, qPCR – E.coli, Kl.pneumoniae и Enterococcus spp. Результаты исследований показали, что молекулярный метод детекции оказался более эффективным. В случаях развития ИМП при использовании qPCR микроорганизмы в клинически значимом количестве были обнаружены в 2,15 раза чаще (28 против 13), чем при использовании культурального метода.

Заключение. Исследования, проведенные с привлечением qPCR, могут служить эффективным инструментом для своевременного выявления проблемных микроорганизмов, в том числе штаммов, несущих генетические детерминанты резистентности.

Список литературы

  1. Wagenlehner FM, Naber KG. Editorial commentary: asymptomatic bacteriuria – shift of paradigm. Clin Infect Dis. 2012; 55 (6): 778–80.
  2. Siddiqui H, Nederbragt AJ, Lagesen K, Jeansson SL, Jakobsen KS Assessing diversity of the female urine microbiota by high throughput sequencing of 16S rDNA amplicons. BMC Microbiol. 2011; 11: 244.
  3. Smelov V, Naber K, Bjerklund Johansen TE. Letter to the Editor: Diagnostic Criteria in Urological Diseases do not Always Match with Findings by Extended Culture Techniques and Metagenomic Sequencing of 16S rDNA. Open Microbiol J. 2016; 10: 23–26.
Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.